Nach dem Zweiten Weltkrieg war das Barockmuseum der erste Teilbereich des Museums, der nach der Instandsetzung der baulichen Schäden wieder eingerichtet und der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden konnte. Den Auftakt der Präsentation bildeten neben einem Stillleben von Franz Werner Tamm vier „Charakterköpfe“ von Franz Xaver Messerschmidt sowie das Bildnis der Familie des Grafen Nikolaus Pálffy von Martin van Meytens d. J., das erst 1947 in die Sammlung gelangt war. Besondere Berücksichtigung fanden weiters die Werke von Georg Raphael Donner, Paul Troger, Martin Johann Schmidt, Johann Christian Brand und Franz Anton Maulbertsch.